企业要在ISO9001基础上建立并实施ISO14001环境管理体系，需要在人力、物力、财力等各方面进行统筹安排、全面部署，如在组织结构和人员职责上增加环境部分等，这一切终都体现在体系文件中，而且具体的实施运作也都是以体系文件为依据和基础。因而文件化体系的建立是向ISO14001过渡的关键。
企业的质量体系和环境管理体系都分为三个层次:即质量手册和环境管理手册;程序文件;记录、操作规程、作业指导书。在ISO9001认证基础上建立ISO14001的关键就是要实现这三个层次的融合。
环境管理手册即为EMS的纲领性文件，包括：1环境方针、目标和指标文件;2环境方案文件;3组织结构、各部门及人员的环境职责、权限及相互关系文件;4对环境管理体系的结构、要素和引用的程序的概述。环境方针、目标和指标，要与质量方针、目标和指标相协调;环境方案要与质量计划相协调;组织结构、各部门和人员的环境职责、权限和相互关系，要与原质量管理体系中组织结构、各部门和人员的质量职责、权限和相互关系相协调。在协调过程中，可能需要对原质量手册中有关部分做相应改动，但所有的变动都不能导致不符合ISO9001相应标准的要求。这是两体系结合的重要方面，需特别注意。
环境管理的程序文件与质量体系的程序文件相比较，大致可分为三类：
一是只用于质量体系的程序，如产品质量检验、试验程序;对于这一类，原则上不做修改;但要审计与修改后的第二类程序的协调性，凡不协调的，要修改使之协调;还要审计与新制定的第三类程序的一致性，凡有矛盾的地方，要修改使之无矛盾。
二是可通用于两个体系的程序，如文件和资料控制程序:对此需要进行修改。首先，在原有质量体系程序的基础上，严格按ISO14001标准的要求，补充增加有关环境管理的专门条款和内容，形成“环境管理补充部分”;然后，审查原程序，确保原程序和新补充的部分不矛盾，协调一致，使这两部分内容构成一份能够同时满足ISO9001和ISO14001标准要求的程序文件。
三是只用于环境管理体系的程序，如环境事故应急准备和响应控制程序。对此应严格按照ISO14001标准的要求编制，其内容要充分考虑到与第二类通用程序的协调，并确保与类程序不矛盾。
在上述过程中，原质量体系程序的内容一般会有改动，原质量体系程序的文件份数也可能扩充。如质量体系程序中一般没有《信息沟通程序》，但这是ISO14001标准要求必须具有的。事实上，环境管理信息的沟通和质量管理信息的沟通同在一个企业内，几乎是使用同样的信息传递线路和信息处理手段，《信息沟通程序》对于环境管理信息的沟通和质量管理信息的沟通同样都是重要的，因此，需要使之成为两个体系通用的程序。
在编制程序文件时一定要注意以上三类程序文件的协调一致和完整配套，这是实现ISO9001质量管理体系和ISO14001环境管理体系相结合的关键，也是保证这两个体系能够协调运行的必要条件。
按与编制程序文件相同的方法，确定所有的作业指导书，包括类只用于质量体系的作业指导书，第二类通用于两个体系的作业指导书和第三类只用于环境管理体系的作业指导书。
这样三层、三类的体系文件结构可分可合，分开使用可灵活地适用于质量体系或环境管理体系分别独立进行认证和审计的需要，合在一起，可方便企业进行综合管理，保证两个体系协调运行，提高管理效率。
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