ISO14001体系与ISO9001体系都是国际标准化组织制定的供组织自愿采用的管理性质的国际标准。大家知道ISO9000是ISO制订的第一套管理体系标准，它的成功推出及在全世界受到`的广泛欢迎是ISO14000得以产生的重要推动力量之一。
两套标准之间的区别主要表现在：
①管理对象不同：ISO9000以组织的各项质量活动作为管理对象，通过建立系统化、文件化的质量体系并予以实施来达到控制和优化质量行为的目的；ISO14000和ISO9000的主要差异在于ISO14001标准要求组织在建立和实施环境管理体系的过程中通过体系策划的步骤识别环境因素和重大环境影响，以作为持续改进的基础。
②承诺对象不同：ISO9000对客户负责，标准站在顾客的角度，要求供方满足顾客对质量的要求；ISO14000对社会负责，受益者将是全社会，是人类的生存环境和人类自身的共同需要，标准的着眼点是组织的活动、产品和服务对环境的负面影响，要求组织承诺预防污染并持续改进。
③法律法规的作用不同：ISO9000质量管理的主要利益相关方是顾客，供方与顾客之间基本上是市场行为。产品的质量要求以满足客户要求为准则，在产品质量标准中除少数安全性标准外，大多数标准都是非强制性标准。ISO14000的受益者是全社会，作为社会公众利益集中反映的法律法规在ISO14000中的作用就完全不同，组织必须承诺遵守法律法规和其它要求，而大多数约束和衡量组织环境行为的标准都是强制性的（如环境管理制度、环境质量标准、污染物排放标准、方法标准等）。此外，国家作为全民利益的代表和环境管理的主体，在实施ISO14000标准方面起着不可替代的作用。在国内，将贯彻ISO14000标准和促进环保执法相结合是一种趋势。
④标准成熟度与逻辑性的比较：ISO9000标准在全面质量管理的基础上形成，总结了工业革命后一百多年来质量管理的经验，实践比较充分，理论上较成熟。因此规定比ISO14000要细，要求更严谨。但2008年版的ISO9001标准其内在逻辑性不如ISO14001强，结构平直。
⑤实施中的覆盖面不同：从组织实施标准涉及到的范围来说，ISO14000标准比ISO9000大得多。在按ISO14001标准的要求建立和实施环境管理体系的过程中，涉及到企业的方方面面，各个角落，牵涉到众多的相关方（供方、合同方、员工、社区居民、政府机构等）。加之作为体系管理对象的环境因素众多，与之相关的法律、法规繁多，因此在具体操作中ISO14000涉及面非常广泛，工作繁重而细致。
⑥审核认证的依据不同：ISO9001标准是质量管理体系认证的根本依据；而环境管理体系认证除ISO14001标准外，本国的相关法律、法规和组织应遵守的其它要求，也是审核认证的依据。如果组织的环境表现离法规要求差距甚远，则无法通过体系认证。
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