办理ISO14001认证要找第三方也就是认证机构，外部组织对环境管理体系的认证/注册是其主要动力。至于使用ISO14001标准的其它形式，如符合标准的自我声明，在ISO14001标准发布的初期国外有少数企业采用过，但由于缺乏公信力，加之各国建立了完善的ISO14001认证制度，这种自我鉴定和自我声明的形式目前已很少采用。
环境管理体系认证是独立的第三方对组织的环境管理体系是否符合相应的环境管理体系标准（如ISO14001）的证实过程。为了保证第三方认证的公正性和科学性，认证机构应该取得独立的第三方认可机构对其认证资格和能力的审查和认可。认可机构通常由国家或政府授权和承认。
典型的ISO14001认证/注册程序如下：
第一步：希望获得EMS认证的组织向选定的认证机构提交认证申请。注明拟认证的组织或场地的活动或设施。
第二步：申请认证组织提交自己的EMS文件，包括环境方针以及能够表明组织的EMS符合ISO14001标准的全部文件。这些文件由一名指定的主任审核员（审核组长）进行评审并就文件是否符合标准的每一个章节提出详细报告。
第三步：该主任审核员（审核组长）进行现场访问，以解决文件审核中发现的不符合并验证申请认证的现场是否做好了正式审核的准备。主要落实资源保障情况以及确认进行正式审核的必要性。
第四步：审核组实施现场审核，通过客观证据评估和验证环境管理体系是否符合ISO14001标准的要求，并得到有效实施和充分保持。
第五步：认证机构向组织提交包括审核结论的最终报告。为了取得认证证书，组织必须满足ISO14001标准的要求并遵守认证机构的认证规则。
第六步：监督审核典型周期为半年，最长不超过一年，以便验证体系的持续符合性。审核组在监督审核时可能只抽查环境管理体系的部分要素。但在三年认证有效期内，审核应覆盖EMS的所有要素，以确保体系持续满足ISO14001标准的要求。
认证审核的结果存在如下三种可能的结论：
1．推荐注册
审核中没有发现严重不符合。
2．跟踪验证纠正措施之后推荐注册
存在一个或多个严重不符合，但能够得到纠正并通过现场跟踪进行验证，不需要重新进行全面审核。
3．不予推荐注册
存在多个严重不符合项，表明体系失效。需要重新进行全面的现场审核。
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